根據研究指出，烘烤過的咖啡豆本身就已富含天然化學物質，像是乳酸、蘋果酸、檸檬酸、奎尼酸、綠原酸、咖啡因及香氣丁子香酚；丁子香酚是在咖啡、葡萄酒和威士忌中令人愉快的木質香調，不同的烘焙程度就會影響豆子的風味，巴西咖啡常見的烘焙程度為中深焙，咖啡豆會呈現出淡黃色，帶有麥芽、焦糖、黑巧克力及烤豆香氣。

除了咖啡豆原本所屬產區的風味、烘培方法、研磨度、沖泡方法之外，把咖啡豆烘焙得越深一般風味就越深，特別是醇厚及烤豆味，口感也會越來越粗糙，因此，烘烤咖啡豆的程度會影響咖啡的最終口感，也成就咖啡學問的博大精深。

另外，在咖啡萃取液中，水的比例為98％，所以「水質」是非常重要的部分。水質也會影響咖啡的風味，因為水中含有的鹽分會溶解咖啡豆中的物質，以及控制溶解度的氨基酸，例如咖啡因、苯甲酸、氨基酸等，而氨基酸會影響咖啡的滋味。咖啡用水的PH值非常重要，應該保持在6.5-7.5之間，太高或太低的PH值會影響咖啡的風味，而且會影響咖啡因吸收的能力，以及沖泡時間。此外，水中的重金屬，例如銅、鋅、鎳、鉻等，也會影響咖啡的口感，特別是銅和鋅，它們會使咖啡產生不好的口感，因此，使用的水會影響咖啡的最終口感。