根據研究指出，烘烤過的咖啡豆本身就已富含天然化學物質，像是乳酸、蘋果酸、檸檬酸、奎尼酸、綠原酸、咖啡因及香氣丁子香酚；丁子香酚是在咖啡、葡萄酒和威士忌中令人愉快的木質香調，不同的烘焙程度就會影響豆子的風味，巴西咖啡常見的烘焙程度為中深焙，咖啡豆會呈現出淡黃色，帶有麥芽、焦糖、黑巧克力及烤豆香氣。
除了咖啡豆原本所屬產區的風味、烘培方法、研磨度、沖泡方法之外，把咖啡豆烘焙得越深一般風味就越深，特別是醇厚及烤豆味，口感也會越來越粗糙，因此，烘烤咖啡豆的程度會影響咖啡的最終口感，也成就咖啡學問的博大精深。
另外，在咖啡萃取液中，水的比例為98％，所以「水質」是非常重要的部分。水質也會影響咖啡的風味，因為水中含有的鹽分會溶解咖啡豆中的物質，以及控制溶解度的氨基酸，例如咖啡因、苯甲酸、氨基酸等，而氨基酸會影響咖啡的滋味。咖啡用水的PH值非常重要，應該保持在6.5-7.5之間，太高或太低的PH值會影響咖啡的風味，而且會影響咖啡因吸收的能力，以及沖泡時間。此外，水中的重金屬，例如銅、鋅、鎳、鉻等，也會影響咖啡的口感，特別是銅和鋅，它們會使咖啡產生不好的口感，因此，使用的水會影響咖啡的最終口感。
手沖咖啡水質經過三道濾芯
手沖咖啡有98.5-98.8% 是水，好的豆子之外，好水非常重要。在比賽時，沖煮用水經過三道濾芯，還加入了鎂離子來增加天然甜味。相較於其他的礦物質，「鎂」的黏著度較高，特別容易吸附咖啡豆中的化學物質，因而強化咖啡豆的某些香氣或口感。因此咖啡好喝及迷人香氣關鍵在自來水中的礦物質組成比例與咖啡豆之間的作用。特別是水質中鎂含量較高的能夠大幅提升咖啡口感，泡出來的咖啡口感、香氣就是不一樣。
