根據研究指出，烘烤過的咖啡豆本身就已富含天然化學物質，像是乳酸、蘋果酸、檸檬酸、奎尼酸、綠原酸、咖啡因及香氣丁子香酚；丁子香酚是在咖啡、葡萄酒和威士忌中令人愉快的木質香調，不同的烘焙程度就會影響豆子的風味，巴西咖啡常見的烘焙程度為中深焙，咖啡豆會呈現出淡黃色，帶有麥芽、焦糖、黑巧克力及烤豆香氣。
除了咖啡豆原本所屬產區的風味、烘培方法、研磨度、沖泡方法之外，把咖啡豆烘焙得越深一般風味就越深，特別是醇厚及烤豆味，口感也會越來越粗糙，因此，烘烤咖啡豆的程度會影響咖啡的最終口感，也成就咖啡學問的博大精深。
另外，在咖啡萃取液中，水的比例為98％，所以「水質」是非常重要的部分。水質也會影響咖啡的風味，因為水中含有的鹽分會溶解咖啡豆中的物質，以及控制溶解度的氨基酸，例如咖啡因、苯甲酸、氨基酸等，而氨基酸會影響咖啡的滋味。咖啡用水的PH值非常重要，應該保持在6.5-7.5之間，太高或太低的PH值會影響咖啡的風味，而且會影響咖啡因吸收的能力，以及沖泡時間。此外，水中的重金屬，例如銅、鋅、鎳、鉻等，也會影響咖啡的口感，特別是銅和鋅，它們會使咖啡產生不好的口感，因此，使用的水會影響咖啡的最終口感。
手沖咖啡有98.5-98.8% 是水，好的豆子之外，好水非常重要。在比賽時，沖煮用水經過三道濾芯，還加入了鎂離子來增加天然甜味。相較於其他的礦物質，「鎂」的黏著度較高，特別容易吸附咖啡豆中的化學物質，因而強化咖啡豆的某些香氣或口感。因此咖啡好喝及迷人香氣關鍵在自來水中的礦物質組成比例與咖啡豆之間的作用。特別是水質中鎂含量較高的能夠大幅提升咖啡口感，泡出來的咖啡口感、香氣就是不一樣。
水的酸鹼度PH值
我們從水的酸鹼度PH值開始，有時候我們在手沖咖啡的時候會發現，使用不同的水來沖煮咖啡，不僅僅咖啡的味道會改變，還可以很清楚地用肉眼觀察到咖啡顏色的改變，這是因為受到水的PH值影響。PH值指的是水溶液中的酸性和鹼性的強度數值。水在25℃時，PH值為7表示中性，PH值大於7表示鹼性越強，PH值小於7代表酸性越強。鹼性越強，抵消酸的能力越強；酸性越強，被鹼性抵消的能力就越強。而自來水普遍都屬於弱鹼性。
我們都知道，咖啡是PH值5-6之間的弱酸性飲品，如果使用PH值6以上的水來手沖咖啡，會提高PH值，減少咖啡的酸性，PH值越高，減少酸味的效果就越強，所以，有時候當我們使用PH值較高的礦泉水來手沖咖啡時，同時水中的鈉離子較高，就很容易產生過高的鹹味。因此並非使用PH值越高的水來手沖咖啡，就代表咖啡越好喝，不喜歡酸味太強的人會認為使用PH值較高的水來手沖咖啡，會讓咖啡的口感更加柔和，而對酸味接受度較大的人則會認為使用PH值較高的水容易讓咖啡失去原本的風味。所以我們在使用礦泉水手沖時，要記得查看標籤上的PH值以及礦泉水中的分子含量來作為手沖依據。對於水PH值的選擇也只是作為調整咖啡酸鹼度的一種方式而已。
水中可溶解物質TDS
首先我們先了解一下TDS，TDS是英文total dissolved solids的縮寫，中文譯名為溶解性總固體，測量單位為克 / 噸，1噸水中含1克可溶解固體物質，也就是1 part per million，重量的百分率，縮寫為ppm，ppm一般作為測量TDS的單位。簡單的來說，ppm值越高，代表水中的可溶解物質越多，因此在萃取咖啡時萃取率會越低；而ppm值越低，代表水中的可溶解物質越少，因此萃取咖啡時萃取率會越高。根據SCAA（美國精品咖啡協會）研究，水的ppm值在125-175之間，用來萃取咖啡最為理想，比較容易達到一個濃度和萃取率的理想值。而ppm值低於75，則較容易萃取過度；ppm值高於225，則較容易出現萃取不足。不同的水，有可能ppm值相同，但其內含的可溶性固體的成分卻不一定相同，也因此，在風味上會造成一些影響，這個問題可能就要回到礦物質本身了。
水質的軟硬度
依據水中軟硬度含量的多寡而定，特別是指碳酸鈣和碳酸鎂的含量，以「mg/L」或「ppm」來表示，稱為水的硬度。亦即軟水為水中的鈣質和鎂質含量較少，硬水為水中的鈣質和鎂質含量較多。水的硬度一般來講與水的ppm值有關，ppm值高的水，鈣、鎂離子的含量相對來講較高，ppm值低的水，鈣、鎂離子的含量相對來講較低。但當不同的水即使是ppm值相同時，水中的可溶性固體物質有可能成分不同。也就是說，鈣、鎂離子含量也相對來講會有所不同，這時候就會出現ppm值相同的水，但軟硬度卻不同。
在日常生活中，我們經常見到水壺用久後內壁會有水垢生成，這是因為在我們取用的水中含有不少無機鹽類物質，如鈣、鎂鹽等。這些鹽在常溫下的水中肉眼無法發現，一旦它們加溫煮沸，便有不少鈣、鎂鹽以碳酸鹽形式沉澱出來，它們緊貼壺壁就形成水垢。因此水質相對較軟，水壺或咖啡機不容易出現水垢。
軟水硬水對咖啡的影響不言而喻，單單飲用軟水和硬水，味道的差別就已經非常大，更何況在咖啡中水質對風味的影響。軟水飲用起來口感較為柔和，因此沖煮出來的咖啡也較為圓潤柔軟，但甜度卻往往沒有硬水沖煮出來的高，當水中擁有適量的鈣離子時，會提升一定的咖啡甜感，但鈣離子含量如果過高，則口感會不夠柔和，觸感相對來講不佳。不僅僅在觸感與甜度上的差異性，軟水相對於硬水來講會使咖啡的風味不夠清晰，因為在萃取咖啡時，如果有一定量的鈣離子和碳化物時，風味可以在這些礦物質巧妙的平衡下，在適當的咖啡粉量、刻度和溫度下產生。要選擇哪一種水沖煮咖啡才可以得到平衡，都因個人味覺差異有所不同，因此不能說明礦物質量多或量少哪個好，但會影響咖啡的口感風味是不爭的事實。
