有機咖啡要求種植戶採用對環境影響很小的養護方法。有機生產體系注重保持土壤肥力，避免水土流失，打造健康的生態環境。許多采用有機種植的種植戶都將其當作一種生活方式。然而，雖然能收穫高品質的咖啡，但由於勞動密集型生產的性質，有機種植成本高昂，再加上售價難以提升，種植戶一直無法得到與所付出勞動相對應的報酬。
只有經過有資質的檢驗機構認證的農場才能稱作有機農場。有機農場不能使用化肥，只能用有機肥，比如動物糞便、咖啡果果肉或者混合肥料；也不能使用殺蟲劑、殺菌劑、除鏽劑來防治植物葉銹病，而應該採用“綜合病蟲害治理方法”，通過合理施肥、修剪枝葉、營造健康的生態環境，提高農場對病蟲害的免疫力。如果農場不幸害蟲肆虐，則短期內很難根除。有機咖啡種植戶還會栽種遮蔭樹木（有助於形成一個自然的生態系統），手工除草，用有機營養物質保持土壤肥力。所以說，種植有機咖啡需要復雜的策略。小規模種植戶大多不會對樹木施用殺蟲劑。2011年，我們曾調查過90名危地馬拉種植戶的殺蟲劑使用情況，只有3%說他們會用殺蟲劑。大多種植戶的種植方法都是“天然有機”，其實是因為他們沒有經濟能力增加對農場的投入。這種條件對種植戶來說並不理想，雖然不使用肥料和殺蟲劑可以節省成本，但咖啡的產量和質量也會隨之下降。在肥料上進行投資（有機或非有機均可）是值得的，因為這樣可以增加產量，但是在一些極度貧困的國家，為了幾個月之後的收穫先投入一筆資金，種植戶是很難下決心的。我們的供貨商採用有機種植體系的原因，是他們受到了有機種植理念的啟發，感覺到自己對農場的環境、土地、樹木和生物多樣性負有責任。他們告訴我們，有機種植是一種生活方式，他們願意承擔起保護自然的責任。
種植費用更昂貴，品質卻不見得更好
如果有機意味著不能使用昂貴的化學藥物，那麼有機種植會比傳統種植方法便宜嗎？幾乎所有種植戶都會回答：有機種植更貴。哥倫比亞的國家咖啡研究中心是一家世界領先的咖啡研究中心，其報告顯示，12千克咖啡果果肉發酵後的效用等於150克化肥，可以滿足1棵咖啡樹1年的用量。用這個數字乘以4000，也就是1公頃土地種植的咖啡樹數量，得到的是47400千克有機肥，這麼多肥料需要運輸、搬運、施給每棵樹，額外的運輸和勞動力帶來了額外的支出。種植戶還會說，有機種植是勞動密集型生產。如果用除草劑給1公頃地除草，那麼1個工人背著噴藥機工作1天就能完成，同樣的面積用手工除草，就需要4～6週。有些咖啡種植國家的工資水平低，一天只有5美元，而巴西之類的國家，一天的工資可以達到60美元。所以，大多數情況下，有機種植比傳統種植成本高得多。除此之外，有機認證還需要費用，每年3000～4000美元。我們合作的一些種植戶完全具備有機種植的資質，但是選擇不進行認證，部分或者很大程度上是出於成本考慮。在選購精品咖啡豆的時候，沒有必要為那些標榜“有機認證”的咖啡豆買單，而更多從產區（莊園）、豆種、處理方式、預期風味表現等方面入手，更容易選到喜歡的好咖啡。
