不管咖啡如何細心的栽種、處理、烘培、研磨及烹煮，最終的品質端賴一個全面性的因素—新鮮度。由於咖啡包裝的實際困難，所以現在所用的單向閥門鎖袋，充氣包裝、真空鋁罐等都是要將氣體排出，而保存內在的新鮮度。沒有咖啡是 100% 的新鮮，試著在幾分鐘內烘培、研磨與烹煮咖啡是不好的，因為除非咖啡完全排氣後才有好口味。然而，事實上，烘培後的咖啡豆比研磨的咖啡粉能保持更久的新鮮度，因為暴露於空氣中的細胞表面較少。

        儲存在容器中要更經濟一些，它不需要太多的搬動和空間，但它也有它的缺點，如果咖啡豆被裝進容器後存放的條件不理想（比如太熱）或存放的時間過長，咖啡豆一旦變質發酵，所要污染的就不止一袋（60公斤）咖啡而是整個容器中的數噸的咖啡。在太陽下經過長時間曬乾的生咖啡，對強烈的氣味和潮濕極其敏感,因為它們能破壞咖啡豆的味道。只有聲名遠播而又價格不菲的藍山咖啡，被特地存放在橡木桶中，才不會面臨這些危險。