咖啡豆的化學由醣類、蛋白質、脂肪、有機酸、礦物質、咖啡因等組成，在烘焙的時候，咖啡生豆經歷一系列反應，產生許多令人愉悅的酸香物質，這是咖啡喝起來帶有酸度的原因。而我們在品鑑一杯咖啡味道的時候，酸也是作為其中一項非常關鍵的評分項目。好的酸令人愉悅，與甜、苦、咸組合，呈現複雜的味道。咖啡中的酸大部分來自於咖啡豆中的酸性物質。咖啡從種植到沖泡完成的過程中，有幾種主要的酸發揮了重要作用，其中的有機酸包含檸檬酸、蘋果酸、奎寧酸、醋酸、酒石酸等，其次是綠原酸。
- 生物合成：
咖啡樹生長和發展過程中通過細胞呼吸產生檸檬酸,蘋果酸,乙酸,羰基丙酸等以及其他化合物(綠原酸和奎寧酸)。而環境溫度，海拔，降雨量，咖啡台地坡度，有無遮陰系統，咖啡樹本身組織的的年齡，以及光合作用的效率等因素都會影響細胞呼吸中產生的酸和糖分含量。咖啡種子中糖分含量會影響烘焙過程中多少糖分被分解形成有機酸等化合物。 - 發酵：
咖啡處理的發酵過程中細菌、酵母和真菌會分解醣類並生產醋酸、乳酸、甲酸和其他酸。咖啡發酵過程中環境溫度，海拔，濕度，發酵時間，發酵方式等因素都會影響發酵的程度和產物。 - 咖啡烘焙：
20多種酸是在烘焙過程中產生的(主要是脂族酸。如，奎寧酸,咖啡因酸和菸鹼)，有些酸揮發性很強(如乙酸)。 在咖啡的烘焙過程中，有機酸的產生成上升趨勢直至15%的質量消耗之後，有機酸的濃度會隨著烘焙的繼續進行而下降，尤其是乙酸和其他揮發性的酸類。 - 沖煮：
現在對於沖泡是否能產生酸還沒有太多的研究。
但是沖泡過程中受到研磨度、沖泡時間、水溫水質、湍流、沖泡方法等因素的影響會萃取出咖啡中不同程度的可溶解性物質，一些有機酸化合物的溶解也因為這些因素的變化而變化，咖啡中其他味道也會對酸度產生味道調和，從而感知出不同程度的酸度和酸質。
咖啡中的酸有哪些
- 綠原酸、奎寧酸：
綠原酸是咖啡豆中含量最多的有機酸，但可惜的是綠原酸屬於讓人酸澀礙口的不好的酸。綠原酸礙口不好的味道對於抗蟲有一定的幫助，韓懷宗在《咖啡學》中描述，羅布斯塔生長於低海拔，蟲害嚴重，綠原酸含量遠多於阿拉比卡種的咖啡豆，這也是羅布斯塔咖啡豆風味遜於阿拉比卡豆的其中一個原因。除此之外，種植環境惡劣也會讓咖啡豆的綠原酸含量增加，讓咖啡味道減色不少。奎寧酸是由綠原酸降解而成的，屬於酚酸的一種，沒有揮發性，所以無法通過嗅覺察覺，味苦。烘焙之後，綠原酸持續降解成奎寧酸，可對於奎寧酸的說法仍具有爭議性，正面一派認為奎寧酸溶於水，增加咖啡醇厚度，也能增加咖啡複雜度以及明亮感。反面一派則認為奎寧酸是深烘焙咖啡喝起來苦澀的元兇。 - 檸檬酸、蘋果酸：
檸檬酸與蘋果酸同為咖啡樹新陳代謝的產物，兩者都沒有揮發性，所以也是無法通過嗅覺聞到，而是需要味覺才能嚐到它們的酸味。檸檬酸與蘋果酸的名字容易讓人誤會，兩者並不會讓我們聯想到檸檬和蘋果，因為沒有揮發性，所以聞不到水果的香味。因其它們在檸檬以及蘋果中含量較多而得名，而非產生檸檬和蘋果的香氣。適當的檸檬酸以及蘋果酸會增加咖啡明亮的酸度，但過多的檸檬酸與蘋果酸也會讓咖啡喝起來尖酸澀口導致失衡。雖然檸檬酸與蘋果酸因為沒有揮發性而無法聞到，但他們卻很容易和醇類結合，產生令人愉悅的花果香氣的酯類物質，這也可能就是耶加雪菲等帶有柑橘花香的原因之一。 - 醋酸、乳酸：
醋酸與乳酸並非咖啡豆本身新陳代謝的產物，生豆幾乎不含這兩種物質，主要來自兩種途徑，一是水洗髮酵過程的衍生物，二是烘焙過程中蔗糖的產物。過高含量的醋酸和乳酸會讓咖啡產生噁心的酸臭腐敗味。 - 磷酸、酒石酸：
磷酸，又被稱為正磷酸，是一種礦物（無機）酸。磷酸也可以表示由磷酸構成的物質。食用磷酸用於酸化食品或者飲料。例如各種可樂的酸性就來源於磷酸較高的解離常數（釋放氫離子的能力）。
在自然界，磷酸可以存在於咖啡中，是從土壤中攝取的。可以使得沖煮後的咖啡增加亮度和甜度，最出名當屬原產地為東非的咖啡。而酒石酸是一種類似於葡萄般的酸，也會大量出現在香蕉中的酸，加在咖啡中的表現特別像喝完葡萄酒那樣往上頂到上顎至鼻腔的感覺。
