低因咖啡，顧名思義就是只有微量咖啡因的咖啡。咖啡裡面含有許多的成分與物質，其中對人身體有明顯影響的就是咖啡因。對於許多嗜喝咖啡，但身體狀況又不允許攝取咖啡因的人來說，低因咖啡就是一個最佳的選擇。一般來說，咖啡豆內，阿拉比卡咖啡豆含0.9%-1.4%（平均1.2%）的咖啡因，而羅布斯塔咖啡豆含有1.8%-4%（平均2.2%）的咖啡因。低因咖啡被規定沖煮出的咖啡中，咖啡因含量不得超過0.3%。也就是說一杯低因咖啡內咖啡因不得超過5毫克。低因處理的步驟必須在咖啡生豆的狀態下才能進行。現今總共有三大類處理方法可以去除咖啡因：歐式/溶劑式處理法（The European or Solvent Process ）、瑞士水處理法（SWP，Swiss Water Process），以及二氧化碳超臨界處理法（CO₂ Process）。這三種方式都能非常有效的移除大多數的咖啡因，咖啡豆內只殘留原咖啡因總量的2~3%。
歐式/溶劑式處理法（The European or Solvent Process）
溶劑式處理法有兩種變異的處理方式第一種是直接的溶劑式處理法，使用二氯甲烷、醋酸乙酯等化學溶液將咖啡因溶出。首先以蒸汽打開咖啡生豆的氣孔，將溶劑直接加入咖啡豆中，待溶劑與咖啡因融合之後，將充滿咖啡因的溶劑清洗掉，再以蒸汽帶出。由於使用了二氯甲烷被懷疑長期接觸會增加致癌風險，因此用其作為溶劑會存在擔憂。但其實FDA將去咖啡因的二氯甲烷含量限制在0.001%，實際上比這還更低，副作用影響甚微。使用乙酸乙酯作為溶劑的流程一樣，乙酸乙酯通常來自甘蔗，因此在使用時，直接溶劑法有時被稱為甘蔗脫因法。通常哥倫比亞的脫因處理就是使用這種方法。但乙酸乙酯是高度易燃的物質，因此危險性較高。另一種是間接的溶劑式處理法，首先是將咖啡生豆中所有的味道都溶解到熱水之中（這是假設的狀態，並非真的將所有的化合物都溶解出來），過了一段時間，將咖啡生豆與溶有“所有”味道（包括咖啡因在內）的熱水分離，之後在熱水中加入可以吸引咖啡因的溶劑，此時咖啡因會與溶劑結合併浮上水面，可以很容易被清除掉，之後再將無咖啡因的熱水重新與咖啡生豆結合起來，咖啡生豆會將剩餘的風味因子吸收回來。
二氧化碳超臨界處理法（CO₂ Process）
這種處理法是先讓咖啡豆吸水膨脹，咖啡因分子在咖啡豆內呈鬆動狀態。加入液化二氧化碳並在水中製造大於100大氣壓。在高壓狀態下，二氧化碳呈現半氣態、半液態地狀態，這個狀態下的二氧化碳能主動與咖啡因結合，而咖啡因最後會被抽風式活性碳濾器濾除。二氧化碳具有高度的選擇性，在溶解出咖啡因的同時不會去“傷害”咖啡豆中的碳水化合物及蛋白質，保證了咖啡豆的風味不被破壞。帶走了咖啡因的液態二氧化碳還可以去除咖啡因後循環使用。使用二氧化碳去咖啡因所製成的咖啡對人體負擔較低，且根據研究這種方法萃取出的咖啡因量比直接溶劑法更多，同時這個方法的成本比直接溶劑法高出許多。無論是用哪種方法，提煉萃取出的咖啡因都被轉賣到可樂公司或藥品公司加以再利用，咖啡因絲毫沒有被浪費。而至於低因咖啡的風味，既然更需要的是低因咖啡，那對於風味就只能捨棄了。
瑞士水處理法（SWP，Swiss Water Process）
瑞士水處理法是瑞士公司Coffex在70年代末開發的，SWISS WATER®目前已註冊專利。使用這個商業化開發的高效率處理方式，共有兩大步驟。
第一步就是在咖啡生豆的狀態下，將其倒入熱水之中，此時熱水會移除咖啡生豆內幾乎所有的風味因子，包括咖啡因在內，將這一批起始的咖啡生豆丟棄不用。之後將負載所有風味因子的熱水，以活性炭濾器過濾掉咖啡因，剩餘的就是滿載純粹風味因子的熱水，這種熱水在瑞士水處理法中被稱為“風味滿載水”（Flavor-charged Water），這種水含有飽和的、咖啡生豆中所有該有的風味因子，獨缺咖啡因，這種特殊的水，就是接下來的去咖啡因處理程序中最重要的媒介。咖啡生豆經過這種去除咖啡因、保留風味因子的程序處理之後，便直接進行乾燥並銷售出去，而吸收了咖啡因的風味滿載水，可以周而復始的以活性碳濾器去除咖啡因，重複使用。這個方法的咖啡因去除率可以達到99.9%，也是咖啡因去除率最高的方法。
其實除了以上三種處理法之外，還有一種【山泉水處理法】，由於與瑞士水處理法相似，所以提一下。這是使用另一種特殊的水，取自冰河的水來提取咖啡因。Descamex這家公司表明他們使用了某種特殊的過濾裝置來去除咖啡因。處理後會得到不含咖啡因的水基溶液，此溶液還同時溶解了咖啡的固體物質，可再利用於去咖啡因的處理程序。
