1860年代，首批波旁咖啡定居於巴西，經過落地生根與繁衍，波旁咖啡在美洲經過近百年的繁衍，開始出現突變品種。
Yellow Bourbon 黃波旁是1930年代，於巴西Pederneiras（SP）附近一間紅波旁農場所發現。巴西Campinas農業研究所（IAC）開始對這咖啡進行研究，並於1950年代發布幾款黃波旁的商用品種。黃波旁成熟時間較快，但是產量比紅波旁低，對葉銹病的抵抗力也比紅波旁弱。但黃波旁的甜味、香氣都較紅波旁明顯，且有明顯柑橘酸質。2017年，一款巴西黃波旁在COE日曬組類別中，獲得92.33分。
顏色突變：橙波旁
Orange Bourbon橙波旁與黃波旁同，這也是波旁咖啡果實顏色基因的自然突變種，首先在薩爾瓦多發現。這種植物的櫻桃通常是桃紅色/粉紅色，有時也被稱為“粉波旁”，但這個容易與哥倫比亞的另一個粉紅波旁混淆。(哥國的Pink Bourbon在2021年的COE已更正，認定其應該屬埃塞俄比亞咖啡品系，而非波旁家族)。
巴西突變種：卡杜拉
Caturra卡杜拉，是波旁咖啡的矮種(侏儒症)，它的名字來源於瓜拉尼語，意思是“小”。它於1915 年至1918 年之間，發現於巴西米納斯吉拉斯州的一個咖啡種植園。巴西坎皮納斯聖保羅州的農學研究所 (IAC) ，自1937 年起對卡杜拉進行選擇，但該品種從卻沒有在巴西正式發布，反在中美洲流行普遍。
哥斯達黎加突變種：薇拉薩奇
Villa Sarchi薇拉薩奇（也稱為La Luisa 或Villalobos Bourbon），也是波旁咖啡的矮種(侏儒症)。Villa Sarchi薇拉薩奇在1950年代，首度於哥斯達黎加的阿拉胡埃拉省西北部地區發現，薇拉薩奇以能適應高海拔種植條件和耐強風聞名。
1974 年薇拉薩奇由IHCAFE 引入洪都拉斯種植。
哥斯達黎加突變種：凡妮西雅
Venecia凡妮西雅是一個被發現於哥斯達黎加中央谷地，San Carlos聖卡洛斯地區的卡杜拉自然突變種。Venecia凡妮西雅咖啡，與卡杜拉同樣矮小，對咖啡葉銹病敏感，它於旱季收穫較晚，需要較長的時間成熟，有助於發展更高的甜度，也非常適應生長於雨區。Venecia凡妮西雅咖啡，同時具有豐富的酸度，它是哥斯達黎加咖啡研究中心(ICAFE)發布的卡杜拉咖啡新育種。
薩爾瓦多突變種：帕卡斯
Pacas帕卡斯與卡杜拉及薇拉薩奇同樣，都屬於波旁咖啡的自然突變矮種。Pacas帕卡斯1949 年在薩爾瓦多聖安娜地區的帕卡斯家族農場中被發現。1960 年，薩爾瓦多咖啡研究所 (ISIC) 為帕卡斯 進行譜系選擇，帕卡斯而今在薩爾瓦多與洪都拉斯廣泛種植。
波旁島的突變種：尖身波旁
Laurina尖身波旁，是波旁種裡最古老的一個自然突變種，它的目數小，兩端尖，故有尖身波旁之稱，英文命名為Bourbon Pointu。Laurina尖身波旁咖啡聞名於18世紀，但其後因遭遇一系列葉銹病等疾病侵襲，此品種咖啡一度於1942年被傳滅絕。直到2001年，尖身波旁才又在波旁島重新發現，其後經由法國科學家與日本上島咖啡栽植复育，2007年尖身波旁開始少量問世，因為物稀為貴，問世的價格比藍山高出四倍之多。尖身波旁以”低咖啡因”特色聞名於世，這品種咖啡的咖啡因含量，只有一般阿拉比卡品種50%，綠原酸含量也低於平常20%。
